Topp 20 bioinformatikverktyg för Linux-system

Det finns en mängd olika Linux-bioinformatikverktyg tillgängliga och flitigt använt inom detta område under lång tid. Bioinformatik har karaktäriserats på många sätt; men det definieras ofta som en kombination av matematik, beräkningar och statistik för att analysera biologisk information. Huvudsyftet med bioinformatikverktyget är att utveckla en effektiv algoritm så att sekvenslikheter kan mätas därefter.

Den här artikeln har skrivits med fokus på bioinformatikverktygen som finns tillgängliga på Linux-plattformen. Alla effektiva verktyg har diskuterats och granskats i detalj. Dessutom hittar du de väsentliga funktionerna, egenskaperna och nedladdningslänkarna i den här artikeln. Så, låt oss gå igenom det.

1. geArbetsbänk

geWorkbench kan byggas med Genome Workbench, ett Java-baserat bioinformatikverktyg för integrerad genomik. Deras komponentarkitekturer underlättar specifikt utvecklade plugins som skulle konfigureras till komplicerade bioinformatikapplikationer. För närvarande finns över sjuttio plugin-program tillgängliga för att stödja, visualisera och analysera sekvensdata.

geWorkbench-funktioner

• Många beräkningsanalysverktyg ingår, nämligen t-tester, självorganiserande kartor, hierarkisk klustring m.m.
• Den presenteras med molekylära interaktionsnätverk, proteinstruktur och proteindata.
• Den erbjuder genintegration och annoteringsvägar och samlar in data från utvalda källor för analys av anrikning av genontologi.
• Detta verktyg integrerar komponenter med plattformen för hantering av input och output.

Skaffa geWorkbench

2. BioPerl

BioPerl är en samling av Perl-verktyg som ofta används på Linux-plattformen som ett bioinformatikverktyg för beräkningsmolekylär biologi. Det används kontinuerligt inom bioinformatik i en standardsvit i CPAN-stil. Detta bioinformatikverktyg är väldokumenterat och fritt tillgängligt i Perl-moduler. Eftersom de är objektorienterade är dessa moduler beroende av varandra för att utföra uppgiften.

BioPerl funktioner

• Från lokala och isolerade databaser får detta bioinformatikverktyg åtkomst till nukleotid- och peptidsekvensdata.
• Manipulerar olika sekvenser och transformerar formen på databaser och filposter.
• Det är en sökmotor för bioinformatik som söker efter sekvenser, gener och andra liknande strukturer i genomiskt DNA.
• Genom att generera och manipulera sekvensanpassningar utvecklar du maskinläsbara sekvenskommentarer.

Skaffa BioPerl

3. UGENE

UGENE är en gratis öppen källkod och integrativ bioinformatik verktygslåda för Linux. Dess gemensamma användargränssnitt är integrerat med de mest använda och välkända bioinformatikapplikationerna. Många biologiska dataformat stöds av dess verktygssatser; därför kan data återställas från avlägsna källor. Det här verktyget använder multi-core CPU och GPU för att ge maximal prestanda för att optimera dina datoraktiviteter.

UGENE Funktioner

• Dess grafiska gränssnitt erbjuder flera funktioner, till exempel kromatogramvisualisering, multipeljusteringsredigerare och visuella och interaktiva genom.
• Det banar väg för en 3D-vy i PDB- och MMDB-format tillsammans med stöd för anaglyfstereoläge.
• Det underlättar fylogenetisk trädvy, punktplottvisualisering och frågedesignern kan söka efter komplexa anteckningsmönster.
• Det kan bana väg för anpassat beräkningsarbetsflöde för arbetsflödesdesignern.

Skaffa UGENE

4. Biojava

Biojava är öppen källkod och designad exklusivt för projektet för att tillhandahålla de Java-verktyg som behövs för att bearbeta biologiska data. Det fungerar för en mängd olika datamängder, till exempel analytiska och statistiska rutiner och parsers för vanliga filformat. Dessutom underlättar det manipulering av sekvenser och 3D-strukturer. Detta bioinformatikverktyg för Linux syftar till att påskynda den snabba utvecklingen av applikationer för biologiska datamängder.

Biojava funktioner

• Inklusive klassfiler och objekt är det ett paket som implementerar Java-kod för olika datamängder.
• Biojava kan användas i olika projekt som Dazzel, Bioclips, Bioweka och Genious, som används för olika ändamål.
• Det fungerar för filtolkare tillsammans med DAS-klienter och serverstöd.
• Den används för att utföra sekvensanalys för GUI och kan komma åt BioSQL- och Ensembl-databaser.

Skaffa Biojava

5. Biopython

Bioinformatikverktyget Biophython utvecklat av ett internationellt team av utvecklare och skrivet i pythonprogrammet används för biologisk beräkning. Det ger tillgång till ett brett utbud av bioinformatikfilformat, nämligen BLAST, Clustalw, FASTA och Genbank, och ger tillgång till onlinetjänster som NCBI och Expasy.

Biopython funktioner

• Den är uppbyggd med pythonmoduler som arbetar med att göra en sekvens med interaktiv och integrerad natur.
• Detta bioinformatikverktyg kan arbeta med olika sekvenser, till exempel translation, transkription och viktberäkningar.
• Detta verktyg är exklusivt berikat; därför hanteras proteinstrukturen och sekvensformatet effektivt.
• Detta verktyg fungerar för justeringar; Därför kan en standard upprättas för att skapa och hantera substitutionsmatriser.

Skaffa Biophython

6. InterMine

InterMine är ett bioinformatikverktyg med öppen källkod för Linux som fungerar som ett datalager för att integrera och analysera biologisk data. Eftersom det är en programvara kan användare installera den på sin enhet och göra data tillgänglig på webbplatsen. Det tros vara en av de mest dynamiska datatabellerna som enkelt kan borra ner i data och smidiga sättet att filtrera data. Vilken är mer extra kolumn för att navigera till rapportsidan?

InterMine-funktioner

• Det fungerar med ett enda objekt, som en gen, ett protein eller ett bindningsställe, och flera listor, som en lista över gener eller proteiner.
• Den kan användas på flera språk; Därför kan olika frågor om biometrisk information sökas på ett par språk.
• Denna programvara har fyra sökverktyg: mallsökning, nyckelordssökning, frågebyggare och regionsökning.
• Den stöder olika format som Chado, GFF3, FASTA, GO och genassocieringsfiler, UniProt XML, PSI XML, In Paranoid orthologs och Ensembl.

Få Finish

7. Moms

Utvecklad som en interaktiv genomikvisare, tros IGV vara ett av de mest effektiva visualiseringsverktygen som enkelt kan komma åt en stor och interaktiv genomikdatabas. Den kan leverera en mängd olika datatyper med genomisk annotering tillsammans med array-baserade och nästa generations sekvensdata. Precis som Google Maps kan du navigera genom en datamängd och jämna ut hur du zoomar och panorerar sömlöst över hela genomet.

IGV-egenskaper

• Det erbjuder flexibel integrering av ett stort antal genomiska datauppsättningar, inklusive justerade sekvensavläsningar, mutationer, kopienummer, etc.
• Accelererar aktiveringen av realtidsutforskning mot den massiva stöddatauppsättningen genom att använda effektiva filformat med flera upplösningar.
• Det tillåter simultan visualisering av olika typer av data över hundratals och i viss mån även tusentals prover.
• Låter dig ladda upp datamängder från lokala och fjärranslutna källor, inklusive molndatakällor, för att observera dina egna och allmänt tillgängliga genomiska datauppsättningar.

Skaffa moms

8. GROMACS

GROMACS är en dynamisk molekylär simulator som inkluderar analys- och konstruktionsverktyg. Det är ett paket med mångsidighet och syftar till att arbeta inom molekylär dynamik; Till exempel kan den simulera den Newtonska rörelseekvationen för hundratals till tusentals partiklar. Det var programmerat att verka på biokemiska molekyler i det föregående steget, nämligen proteiner och lipider, kopplade till komplicerade interaktioner.

GROMACS funktioner

• Detta Linux-beräkningsverktyg är lätt att använda, innehåller topologier och parameterfiler och är skrivet i klartext.
• Inget skriptspråk används; Därför fungerar alla program med ett enkelt kommandoradsalternativ för gränssnitt för in- och utdatafiler.
• Om något går fel görs många felmeddelanden och konsistenskontroller.
• Alla program underlättas med ett integrerat grafiskt användargränssnitt.

Skaffa GROMACS

9. Tavern Workbench

Taverna Workbench är ett verktyg med öppen källkod programmerat för att designa och utföra bioinformatiska arbetsflöden skapade av myGrid-projektet. En mängd olika programvaror kan integreras med detta verktyg, inklusive SOAP och REST webbtjänst. Det samarbetar med olika organisationer som European Bioinformatics Institute, DNA Data Bank of Japan, National Centre for Biotechnology Information, SoapLab, BioMOBY och EMBOSS.

Funktioner hos Taverna-arbetsbänken

• Den är helt designad med ett grafiskt arbetsflöde för att hitta, utveckla och utföra arbetsflöden.
• Den har utformats med ett helt grafiskt arbetsflöde; Dessutom används diskreta flikar för designen.
• Anteckningar tillhandahålls för att beskriva arbetsflöden, tjänster, ingångar och utgångar med en inbyggd hjälpfunktion.
• Det tidigare använda arbetsflödet lagras i det här verktyget, även om du kan spara det använda arbetsflödet i filen.

Skaffa Taverna-arbetsbänken

10. GRAVER

EMBOSS innebär European Molecular Biology Open Software Suite. Det är ett mjukvarupaket som har utvecklats för behoven hos den molekylärbiologiska gemenskapen. Detta Linux-bioinformatikverktyg kan användas för olika ändamål. Till exempel fungerar den automatiskt i olika dataformat. Dessutom kan den samla in data sekventiellt från webbsidan.

EMBOSS-funktioner

• EMBOSS inkluderar hundratals applikationer, nämligen sekvensanpassning och snabb databassökning med sekvensmönster.
• Dessutom har den identifiering av proteinmotiv, inklusive domänanalys och nukleotidsekvensmönsteranalys.
• Dess verktygsuppsättning har utformats på lämpligt sätt för att hantera bioinformatikapplikationer och arbetsflöden.
• Den har programmerats med ytterligare bibliotek för att hantera många andra relevanta ämnen också.

Skaffa EMBOSS

11. Omega Cluster

Clustal Omega arbetar med proteiner, och RNA/DNA är ett multipelsekvensanpassningsprogram designat för allmänna ändamål. Den kan effektivt hantera miljontals datamängder på en rimlig tid; Dessutom producerar den högkvalitativa MSA. I detta bioinformatikverktyg finns det en process där användaren måste lämna filsekvensen i standardläget. Det är justerat och grupperat för att generera ett guideträd, vilket i slutändan möjliggör en progressiv inriktningssekvens.

Funktioner hos Clustal Omega

• Det underlättar anpassningen av befintliga anpassningar med varandra och dessutom anpassningen av en sekvens till en anpassning med hjälp av en Hidden Markov Model.
• En extern profiljusteringsfunktion hänvisar till en ny homolog sekvens för den dolda Markov-modellen.
• HMMs används för Clustal Omega för uppriktningsmotorn hämtad från Johannes Soedings HHalign-paket.
• Clustal Omega tillåter tre sekvensingångar: profil, align sekvens och HMM.

Omega Cluster

12. EXPLOSION

Det grundläggande sökverktyget för lokal anpassning eller BLAST används för att hitta likheten mellan biologiska sekvenser. Den kan hitta relevanta matchningar mellan nukleotid- och proteinsekvenser och visa deras statistiska signifikans. Frågesekvenserna är strukturerade med olika typer av BLAST. Dessutom odlar detta verktyg till stor del okända gener som frodas i olika djur, och möjliggör kartläggning av sekvensbaserade datamängder genom kvalitativa analyser.

BLAST-funktioner

• MegaBLAST nukleotid-nukleotid erbjuder sökning och optimering av mycket liknande sekvenstyper.
• Dessutom fungerar nukleotid-nukleotid BLASTN något annorlunda när man söker efter avståndssekvenser.
• Dessutom hittar BLASTP protein-protein relation och jämförelse, och dess formel används för annan forskning.
• TBLASTN fokuserar på att fråga nukleotider mot proteindataset och kan översätta databasen i farten.

Få BLAST

13. Sängredskap

Bedtool bioinformatik programvara är en schweizisk armékniv av verktyg som används för ett brett spektrum av genomisk analys. Genomisk aritmetik använder detta verktyg i stor utsträckning, vilket innebär att du kan hitta mängdteori med det. Till exempel underlättar sängverktyg räkning, komplementering och slumpmässig skärning, kombinerar genomiska intervall från flera filer och genererar ett speciellt genomformat, såsom BAM, BED, GFF/GTF och VCF.

Sängverktyg Funktioner

• I detta bioinformatikverktyg är var och en utformad för att utföra en särskilt enkel uppgift, till exempel att korsa två intervallfiler.
• Komplicerad och sofistikerad analys utförs genom att använda en kombination av sängverktyg.
• En grupp forskare utvecklade detta verktyg i Quinlan-laboratoriet vid University of Utah.
• Eftersom detta verktyg har många alternativ kan det användas för flera ändamål inom bioinformatik.

Skaffa Bedtools

14. Bioklipp

Bioclipse Linux-bioinformatikverktyget definierat av Workbench for Life Science är en Java-baserad programvara med öppen källkod. Den körs på den visuella plattformen, som inkluderar kemoterapi och bioinformatik Eclipse Rich Client Platform.

Den kommer med en plug-in-arkitektur. Det innebär banbrytande plugin-arkitektur, plus Eclipse-funktionalitet och visuella gränssnitt, såsom hjälpsystemet och mjukvaruuppdateringar ingår också.

Bioclipse funktioner

• Biologiska sekvenser, nämligen RNA, DNA och proteiner, hanteras med bioklippet.
• Biojava hjälper också till att tillhandahålla grundläggande bioinformatikfunktioner; Grafiska redigerare för sekvensjusteringar också.
• Det används för farmakologi och läkemedelsupptäckt tillsammans med metabolism discovery site.
• Slutligen, arbeta med semantisk webbfunktionalitet, bläddra i omfattande samlingar av föreningar och redigera kemiska strukturer.

Skaffa Bioclipse

15. Bioledare

Bioinformatik, som används flitigt på Linux-plattformen, är ett gratis och öppen källkod för bioinformatik, som konsekvent används inom medicinsk biologi för analys med hög genomströmning. Använder huvudsakligen statistisk programmering i R; men den innehåller också ett annat programmeringsspråk. Denna programvara är designad med fokus på ett par mål; Till exempel syftar det till att etablera samarbetsutveckling och använda innovativ programvara enormt.

Bioledaregenskaper

• Denna programvara kan analysera en mängd olika data, till exempel oligonukleotidmatriser, sekvensanalys och flödescytometrar, och generera en robust grafisk och statistisk databas.
• Att ha punktpunkter och dokument i varje kikarepaket kan ge en textuell, uppgiftsorienterad beskrivning av det paketets funktionalitet.
• Den kan generera realtidsdata om tillhörande mikroarray och annan genomisk data tillsammans med biologisk metadata.
• Dessutom kan den analysera uttryckta gener som LIMMA, cDNA Arrays, Affy Arrays, RankProd, SAM, R/maanova, Digital Gene Expression, etc.

Skaffa bioledare

16. AMFORA

AMPHORA, som står för Automated Phylogenomics Inference Application, är ett arbetsflödesverktyg för bioinformatik med öppen källkod. En annan version av AMPHORA, AMPHORA2, har bakteriella och arkeala fylogenetiska markörgener. Ännu viktigare, det fungerar för att skapa information mellan fylogenetiska och metagenetiska datamängder.

Kännetecken för AMPHORA

• Eftersom det är en enda gen är AMPHORA2 den mest lämpliga för att härleda bakteriers taxonomiska sammansättning.
• Dessutom kan den också sluta sig till den taxonomiska sammansättningen av arkeala samhällen från den metagenomiska hagelgevärsekvensen.
• Inledningsvis användes AMPHORA för att analysera metagenomiska data från Sargassohavet.
• Men nuförtiden används AMPHORA2 alltmer för att analysera metagenomiska data som är relevanta i detta avseende.

Skaffa AMPHORA

17. Andúril

Anduril är en öppen källkodskomponentbaserad bioinformatikmjukvara för Linux som arbetar för att skapa ett arbetsflödesramverk relaterat till vetenskaplig dataanalys. Helsingfors universitets systembiologiska laboratorium utvecklar detta verktyg. Detta bioinformatikverktyg för Linux är utformat för att möjliggöra effektiv, flexibel och systematisk dataanalys, särskilt inom området biomedicinsk forskning.

Egenskaper för Abduril

• Det fungerar i ett arbetsflöde där olika bearbetningssystem är relaterade till varandra; Till exempel kan en utdata från en process fungera som en input till andra.
• Huvudverktyget för Anduril är skrivet i Java, medan andra komponenter är skrivna i olika applikationer.
• I dess olika steg förekommer många aktiviteter, såsom dataskapande, rapportgenerering och dataimport.
• Din arbetsflödesinställning kan göras med ett kraftfullt och enkelt skriptspråk, nämligen Andurilscript.

Få Anduril

18. LabKey Server

LabKey Server är ett föredraget val för forskare som används i laboratorier för att integrera forskning, analysera och dela biomedicinsk data. Ett säkert datalager används i detta verktyg som underlättar webbaserade frågor, rapportering och samarbete inom ett brett utbud av databaser. Tillsammans med den underliggande plattformen kan många fler vetenskapliga instrument läggas till denna applikation.

LabKey-serverfunktioner

• LabKey Server levereras med alla typer av biomedicinsk data. Till exempel flödescytometri, mikromatriser, masspektrometri, mikroplattor, ELISpot, ELISA, etc.
• I det här verktyget utför en anpassningsbar databehandlingspipeline alla relevanta aktiviteter.
• Den presenteras med observationsstudier som stödjer hanteringen av storskaliga longitudinella studier av deltagare.
• Proteomics används för att bearbeta masspektrometridata med hög genomströmning med hjälp av ett specifikt verktyg, nämligen X! Tandem.

Skaffa LabKey Server

19. Mamma

Mothur är ett bioinformatikverktyg med öppen källkod som ofta används inom det biomedicinska området för att bearbeta biologiska data. Det är ett mjukvarupaket som ofta används för att analysera DNA från oodlade mikrober. Mothur är ett Linux-bioinformatikverktyg som kan bearbeta data som genereras från DNA-sekvenseringsmetoder, inklusive 454 pyrosequencing.

Mothur funktioner

• Det är ett enda paketprogramvara som kan hantera communitydata genom att analysera och sekvensera.
• Det här verktyget tillhandahåller storskaligt stöd för communitydokumentation och andra former av stöd.
• Mothur tros vara det mest framstående bioinformatikverktyget för att analysera 16S rRNA-gensekvenser.
• En dedikerad community och handledningar finns tillgängliga i det här verktyget för att informera om hur man använder Sanger, PacBio, IonTorrent, 454 och Illumina (MiSeq/HiSeq).

Hämta Mothur

20. VOTCA

VOTCA står för Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications, som är klassat som ett effektivt bioinformatikverktyg med ett grovkornigt modelleringspaket som i första hand analyserar molekylärbiologiska data. Deras mål är att utveckla systematiska grovkorniga tekniker och simulera mikroskopiska laddningar för att transportera oordnade halvledare.

VOTCA-funktioner

• VOTCA levereras huvudsakligen med tre huvuddelar: verktygssats för grovkornig, verktygssats för laddningstransport och verktygssats för excitation.
• De tre huvudfunktionerna kommer från VOTCA-verktygsbiblioteket som implementerar delade procedurer.
• VOTCA använder sig av grovkorniga metoder för att skörda de bästa resultaten från relevanta aktiviteter.
• Denna programvara presenterar en uppsättning excitationstransportverktyg där orca DFT-paket stöds avsevärt.

Skaffa VOTCA

Sista tanke

För att sammanfatta allt är det värt att nämna här att alla ovan nämnda bioinformatikapplikationer används i stor utsträckning inom detta område. Dessa Linux-bioinformatikverktyg har använts inom medicinsk vetenskap, farmakologi, läkemedelsuppfinningar och relevanta sfärer under lång tid.

Slutligen uppmanas du att lämna dina två ören angående denna artikel. Dessutom, om du tycker att den här artikeln är värd besväret, glöm inte att gilla, dela och kommentera. Din fina kommentar kommer att uppskattas.